Dopo i bombardamenti del 1944, nei quali fu distrutta la decorazione della volta di tutto il santuario, si provvide alla ricostruzione delle parti crollate e si inaugurarono nel 1958 la scalinata marmorea che sale alla nicchia del Crocifisso e il coro ligneo.
Tra il 1964 e il 1965 un frate minore conventuale, fr. Giovanni Lerario, decorò l'interno del santuario. Egli era nato a Roma nel 1913 e divenne pittore di buona fama, lasciando molte sue opere pittoriche soprattutto in terra di Abruzzo.
Nel catino absidale si staglia la figura di Cristo Risorto, con una croce luminosa alle spalle. Il Risorto attorniato da angeli (alcuni piangono la sua passione, altri sono attoniti di fronte alla risurrezione) è mostrato nell'atto di ascendere al Padre.
La croce gloriosa è anche protagonista dell'affresco della volta; essa è sollevata da angeli e adorata da S. Francesco. Naturalmente tutto l'apparato iconografico ruota intorno al mistero del Crocifisso, cuore simbolico del santuario.
A destra e a sinistra rispetto alla nicchia del Crocifisso, sono affrescate due teorie di santi, personaggi illustri e frati. Compaiono i volti di persone legate alla storia di Longiano e di frati santi o benemeriti dei Minori Conventuali. Inoltre viene rappresentata una delegazione di contadini e di persone del paese (con lo stendardo comunale) oltre ad un gruppo di fratelli dell'Arciconfraternita del SS. Crocifisso, con la tipica veste azzurra e marrone